Iniciada em meados de 1973 por Dom Tomás Balduíno ao perceber a pobreza, a saúde precária e a falta de estudos na região. Em 1993 foi criada a Comissão Diocesana de Saúde e, em 2004, a Pastoral da Saúde ganha uma sede de trabalho: a Casa da Agricultura Familiar Dom Tomás Balduíno, na cidade de Goiás. O local serve como loja para apresentação e venda de produtos para pessoas do campo, de materiais didáticos, além de produção e comercialização de compostos naturais à base de plantas.

A Pastoral realiza trabalhos no campo para promover saúde, educação, empoderamento, emancipação feminina, inclusão de jovens, valorização de saberes e fazeres da população campesina, bem como o resguardo dos direitos humanos dos habitantes da zona rural. 

A cada dois meses, as comunidades recebem visita agendada de uma Educadora Popular e voluntários, que ministram oficinas de remédios caseiros, cosméticos medicinais artesanais, resgate de alimentos tradicionais e realizam estudos de plantas e alimentícias não convencionais (PANCs), entre outras ações. 

Atualmente, a Pastoral da Saúde de Goiás atende mais de 480 pessoas, distribuídas em 24 comunidades diferentes, entre assentamentos de reforma agrária e pequenos agricultores familiares na região da Serra Dourada e do Rio Vermelho da Diocese de Goiás.